はい、可能です。
LaserCutにはレイヤー機能があり、レイヤー毎に加工設定を行えます。レイヤーの加工順序も任意に設定可能です。レイヤーのの加工設定により、一度加工データを作成すれば、加工途中に手動で設定変更する必要はありません。